הרב יוסף חיים תמך בלב שלם בהוראת לימודי חול וראה בהם חשיבות רבה. אך הדבקות של חברת 'כל ישראל חברים' באג'נדה של חילון, בניגוד להצהרותיה, הכריחה את אותו להתנגד לבתי הספר שלימדו של החברה

הרב יוסף חיים חי בתקופה שבה החברה המסורתית הבבלית החלה לעבור תהליכי מודרניזציה ונחשפה באופן משמעותי לעולם המערבי. גם הוא עצמו נחשף למחקרים שהתפרסמו בכתבי עת שונים, וסימנים לתהליכים שעבר ניכרים בכתביו. למשל, יהודי מבומבי שאל את הרב יוסף חיים: "קרון שקורין גאר"י, שקבוע בו שני גלגלים, ואינם מושכין אותו בהמות ולא בני אדם, אלא הוא מהלך מאליו על ידי אדם היושב בו, שדוחה את הגלגלים ברגליו, ורצינו לדעת אם מותר לרכוב בזה הגאר"י בשבת ויום טוב או לא". בעברית פשוטה יותר: האם מותר לרכוב על אופניים בשבת. הרב יוסף חיים התיר לחלוטין את הנסיעה באופניים בשבת, ורק מחשש להוצאה מרשות לרשות בעיר שאין בה עירוב אסר לרכוב מלבד בשעת הדחק. מנגד, היו לרב יוסף חיים גם צדדים שמרניים יותר, כפי שראינו למשל במאבקו ביעקב אוברמאיר, שפעל להכנסת חידושים שנוגדים את העולם ההלכתי.

באופן טבעי, המתחים המשמעותיים ביותר בנוגע לתהליכי המודרניזציה נוצרו סביב חינוך הילדים והנוער. בתקופה שבה אנו עוסקים החלה חברת כי"ח, שביקשה להביא את התרבות המערבית ואת החינוך המודרני גם לעיראק, להקים בתי ספר שבהם ניתן חינוך להשכלה כללית ונלמדו מקצועות חול. הרב עבדאללה סומך, רבו של הרב יוסף חיים, שיחסו למודרנה היה חיובי, שלח את בנו ואת נכדו ללמוד בבתי הספר של כי"ח. יחסו של הרב יוסף חיים לבתי הספר הללו היה אמביוולנטי יותר: מחד גיסא, הוא ראה בחיוב את התהליך שבו משתלבים גם לימודי חול בתלמודי התורה ובבתי הספר לצד לימודי הקודש; ומאידך גיסא, הוא התנגד בתוקף לתהליכים שהתרחשו בבתי הספר, שפגעו באורח החיים ההלכתי. מעדויות שונות עולה שאנשי כי"ח שפעלו בעיראק ניסו לעתים לשכנע את התלמידים לעזוב את מסורת אבותיהם ואת הסממנים הדתיים החיצוניים, כמו גידול פאות או חבישת כיסוי ראש.

בסוף ספרו 'אמרי בינה', שבו ליקט הרב יוסף חיים דברים שכתב ושדרש, מופיע דרוש שנשא לרגל פתיחת בית הספר 'נוריאל' של חברת כי"ח. בדרוש זה הוא מביע את עמדתו החיובית באשר לשילוב לימודי חול והשכלה כללית. הוא מסביר מדוע מותר לפי ההלכה ללמוד לימודי חול, ומפרט את היתרונות בלימודים אלה. הוא אף מביע את מורת רוחו מהמציאות שבה יהודי בגדדי אינו יכול לדבר עם מוסלמי בערבית צחה, כיוון שלא למד את השפה הערבית כחלק מחינוכו. הוא מונה את יתרונותיו של בית הספר החדש: חדריו מאווררים, יש בו כיתות נפרדות למקצועות שונים, והתלמידים יושבים בו על כיסאות.

מעניין לראות חכם בגדדי, שנטוע בעולם המסורת והקבלה, מפגין יחס כה חיובי ללימודי חול, ולא פלא שהתפתחה מסורת שהרב יוסף חיים הצטער על שהדפיס את הדרשות הללו בספרו, ושרבנים בני זמננו הביעו את כוונתם להדפיס את הספר מחדש ללא הדרושים הללו. אך כפי שנראה להלן, יחסו החיובי של הרב יוסף חיים ללימודי חול ולבתי הספר של כי"ח ניכר גם במכתבים שכתב להנהלת כי"ח סמוך לפטירתו.