בכל מקום שאליו נדד לימד רבי אברהם אבולעפיה את מורה הנבוכים לרמב"ם, אבל עיסוקיו חרגו מתחומי ההיגיון והשכל הישר. תורותיו של המקובל שהכין עצמו להחזרת הנבואה – שיש להן היום הד בשיטות ניו-אייג' מדיטטיביות – הביאו עליו חרמות והגליות

רבי אברהם אבולעפיה היה מקובל ייחודי ומרתק, יצירתי ופורץ דרך, אך גם שנוי במחלוקת עמוקה ועזה עם חלק מחכמי דורו. דמותו השפיעה השפעה דרמטית על התפתחות הקבלה במשך מאות שנים לאחר פטירתו. לתלמידיו הבטיח שהוא מוסר בידיהם מפתח, צוהר לעולמות עליונים, שדרכו ירד אליהם השפע הנבואי.

והנה נודע בקבלה נבואית א-לוהית תוריית שבעת שהחכם המשכיל מצרפם תשפע עליו רוח הקודש. וזה לך האות בעיונך באותיות הקדושות האלה באמת ובאמונה ובצרפך אותם מה שבראש עם הסוף והסוף עם הראש, ראש עם תוך והתוך עם ראש, והסוף עם התוך והתוך עם הסוף. וכן תעיין כולו לפי זה הדרך יגלגל כל אותיותיו פנים ואחור בניגונים רבים. ויתחיל בנחת וימהר עוד וירגיל עצמו עד שיהיה בקיא מאוד בחילופי הצירופים זה בזה.

וצריך לו גם כן שיהיה בקיא מאוד בסתרי תורה ובחכמה, כדי שיכיר מה שיבוא לו בגלגלי הצירוף ויתעורר לבו בחושבו הציור השכלי הא-לוהי הנבואי. ובתחילה ממה שיעלה לו מן הצירוף בהתבודדותו, תתחדש עליו פחד ורעדה ויעמדו שערות ראשו ויזדעזעו אבריו. אחר כך אם יזכה תעבור עליו רוח א-לוהים חיים "ונחה עליו רוח ה', רוח חכמה ובינה רוח עצה וגבורה רוח דעת ויראת ה'" (ישעיהו י"א, ב'). וידמה לו כאילו משחו כל גופו מראשו ועד רגליו בשמן המשחה ויהיה משיח ה' ושלוחו, וייקרא מלאך הא-להי"ם, ויכונה שמו כשם רבו והוא ש-ד"י אשר כינוהו מטטרו"ן שר הפנים (חיי העולם הבא, עמ' ט"ז-י"ז).

התיאור הדרמטי והמרגש הזה מאפיין את שיטתו המיסטית של אבולעפיה, שנולד בספרד בשנת ה' אלפים (1240), השנה הראשונה לאלף השישי לבריאה, בסרגוסה שבחבל ארגון. מאורעות חייו לא נפלו בתעוזתם מן הדברים שכתב. כבר מגיל צעיר ראה בעצמו כבעל ייעוד א-לוהי מיוחד. השאיפות לזכות בנבואה, האמונה שאדם יכול להכין את עצמו להיות "משיח ה' ושילוחו", התוו את דרכו הייחודית. כבר אז החל במסע נדודים שלא פסק עד יום מותו.

בצעירותו עקרה משפחתו לטולדו, שם למד תורה מפי אביו, רבי שמואל אבולעפיה, עד לפטירתו של האב כשהיה בן 18. בגיל עשרים עזב הצעיר המלומד את ספרד ויצא למסע לארץ ישראל. בכתביו הוא מעיד שיצא לחפש את נהר סמבטיון ואת עשרת השבטים האבודים, המתגוררים על פי המדרש מעברו השני. ההתפתחויות בשטח לא אפשרו לו להגיע אל יעדו. התפשטות של מונגולים (טטרים) מאסיה לאזור ארץ ישראל נבלמה בידי הממלוכים המוסלמים למרגלות הגלבוע בקרב עין ג'אלות (הממלכה הצלבנית בירושלים נקטה עמדה ניטרלית, למרות שהמונגולים היו נוצרים כמותם), ואבולעפה נאלץ לשוב על עקבותיו לאירופה.