חזונו של מנשה בן-ישראל, תלמיד חכם בן אנוסים שביקש לקדם את גאולת ישראל, הביא אותו לפעול נמרצות להשבת היהודים אל חופיה הקודרים של אנגליה. בדרך הוא הקים את הדפוס העברי הראשון באמסטרדם והיה לאיש מפתח בעולם של תקוות גדולות ומציאות קשה

בספטמבר 1644 הגיע לאמסטרדם נוסע חריג במקצת מדרום אמריקה. כ"נוצרי חדש" נקרא בשם אנטוניו דה מוֹנטֶזינוֹס, אך כעת שב לשמו היהודי – אהרון לוי דה מונטזינוס – והיה לו סיפור מרתק. בשנות נדודיו הרבות ביבשת אמריקה, סיפר, פגש בקבוצת אינדיאנים שקריאת שמע שגורה בפיהם, ושטענו שמוצאם משבט ראובן; לטענתם, צאצאי שבט יוסף התגוררו בסמיכות אליהם. דה מונטזינוס טען שהאינדיאנים הללו מצפים לצאת עד מהרה מסביבתם הנוכחית, וליטול חלק בגאולה העתידה לבוא על עם ישראל כולו. האורח אף הגדיל לעשות וחתם על דבריו כאמת מוחלטת.

עבור אחד מנכבדי אמסטרדם, שבפניו נחתמה אותה הצהרה, היה רגע זה לנקודת מפנה במסלול חייו. בעקבות השמועות על קיומם של עשרת השבטים ביבשת אמריקה, עתיד היה מנשה בן ישראל להפליג לכיוון אחר לחלוטין – אל חופי בריטניה המרוחקים פחות אך המעוננים יותר, במטרה להביא אותה גאולה מובטחת לעם היהודי.

ממנואל למנשה

ברשימות של האינקוויזיציה הפורטוגזית מופיע שמו של מנואל דיאס סוֹאֵירוֹ, תושב האי מדיירה שבאוקיינוס האטלנטי, שנולד ב-1604. האזכור באותם ספרים ארורים הוא בעצם ציון ראשון לקיומו של מי שנודע לימים כרב מנשה בן ישראל, דמות מפתח בתולדות היהודים באירופה.

סיפורם של הוריו, יוסף דיאס וגראציה סוֹאֵירוֹ מליסבון, הוא סיפור טיפוסי ליהודי פורטוגל, כור מחצבתם. מאז ייבוא גזרות השמד מספרד ב-1492, נאלצו יהודי פורטוגל על פי חוקי המדינה והכנסייה הקתולית להמיר את דתם ולקבל את האמונה הקתולית כמצוות האפיפיור ברומא. לאחר הטבלתם סווגו רשמית כ"נוצרים חדשים", אך כמו בספרד, המומרים הללו כונו בפי העם – ואף נחשבו – כ"מראנוס" (חזירים). גם המצליחים שבהם, שעסקו במקצועות נחשבים או השתייכו לעילית החברתית במדינותיהם, היו חשודים תמיד כנאמנים ליהדות, מה שהוביל למעצרים בידי רשויות המדינה או הכנסייה ולתוצאות הרות אסון לאדם ולמשפחתו.

כך אירע גם ליוסף. בעת שביקר בספרד, כנראה כסוחר, הואשם מסיבה לא ידועה – ואולי בלי כל סיבה – בניהול אורח חיים יהודי. על זאת עונה, הובא ל"משפט" האינקוויזיציה, נכלא ורכושו הופקע. הוא היה בר מזל: מכיוון ש"חזר בו מכפירתו", הורשה לשוב למשפחתו, כשגופו פגוע ללא תקנה. על פי החוק אסור היה לנוצרים החדשים לעזוב את פורטוגל, ולכן נטל את אשתו ואת בתו וברח דרך הים למדינת החסות שבאי מדיירה, שם נולד לאחר זמן קצר מנואל – שהוטבל לנצרות – ואחריו בן נוסף.

חייהם לא היו בטוחים. כפי שכותב ההיסטוריון היהודי-אנגלי ססיל רות' בספרו "חיי מנשה בן ישראל" (1945):

באזורי השליטה של ספרד ופורטוגל המשיכו לשרור תנאים מסוכנים לאנוסים מפורטוגל, והם אף הלכו והורעו לאורך המאה ה-17". 

לכן, כשהיה מנואל עדיין פעוט, נטלו יוסף וגראציה אותו ואת אחיו לעברו בגנבה ללה רושל שבמערב צרפת. שם, כמו נרדפים אחרים מחמת דתם, יכלה המשפחה לקיים אורח חיים יהודי בבטחה יחסית, משום שהעיר הייתה ידועה ביריבותה לנצרות הקתולית.

אמנם גם בלה רושל היה עליהם לעשות זאת בצנעה, שכן החוקים הרשמיים לא התירו ל"נוצרים חדשים" לשוב ליהדותם, וכלפי חוץ היה עדיין הכרח לקיים את הלכות הנצרות. זו הייתה אפוא רק תחנת מעבר. בהיות מנואל כבן שש עקרה משפחתו לאמסטרדם, בירת הולנד, שם היה עתיד להתחיל, כפי שהתברר, חיים חדשים.