"ירושלים החדשה" שנוצרה מכח הסובלנות הדתית – במונחי אותו הדור – הולידה מקרבה שני כופרים ושתי הכרזות חרם. לא הכל אפשר לומר

אווירת הסובלנות באמסטרדם של המאה הי"ז היתה גם תפאורת הרקע של כמה "יהודים חדשים", בני אנוסים, שסירבו לקבל את היהדות באותה מתכונת שהיתה מקובלת על בני הקהילה. לפני שנפנה אל סיפורם של אוריאל אקוסטה וברוך שפינוזה, נעיר שתשומת הלב הגדולה מאד שזכו לה יצרה עיוות מסויים בתפיסת ההיסטוריה: הקהילה היהודית באמסטרדם, שהעמידה את הספקנים הללו מחוץ לגבולותיה, היתה כשלעצמה קהילה מלאת תסיסה רוחנית ועושר רעיוני. כפי שניכר בדמותו של אחד ממנהיגיה, הלא הוא גיבורנו מנשה בן-ישראל. הוא היה קשור, ללא ספק, גם לאוריאל אקוסטה וגם לברוך שפינוזה, כפי הנראה כמורה של שניהם וכן מתוקף תפקידו כחבר בבית הדין המקומי שדן בענייניהם.

אוריאל אקוסטה (הקרוי לעיתים אוריאל ד'אקוסטה), צאצא למשפחת אנוסים, נולד בפורטוגל בסביבות שנת 1585. גם הוא וגם אביו היו בעלי תפקידים בכנסיה. אט-אט החל לדחות את תורות הנצרות ובעקבות מות אביו ברח ב-1617 עם יתרת משפחתו לקהילת אמסטרדם.

אולם הוא לא היה מסוגל לקבל את מצוות הדת היהודית כפי שנהגו לקיימן שם. בחיבורו הראשון בפורטוגלית ("אחת עשרה התזות"), הטיל ספק באמונות המסורתיות בכללותן ולאחר מכן, ב-1624, תקף בחריפות את האמונה בהישארות הנשמה ("בחינת מסורות הפרושים"). המנהיגות הדתית זעמה. אקוסטה הואשם במינות, ספרו נשרף, הוא נקנס והוטל עליו חרם. הוא עבר להמבורג, אולם שם נודה וב-1633 חזר באי רצון לאמסטרדם.

עם שובו נעשו דעותיו המוצהרות של אקוסטה קיצוניות יותר. לא זו בלבד שסירב לקבל את התורה שבעל פה והלכותיה כנהוג בקהילה, אלא גם גרס כי התורה שבכתב נכתבה בידי אדם. הוא דגל באמונה דאיסטית, דחה לחלוטין את הדת המאורגנת וניסה להניא נוצרים מלהתגייר. כתוצאה מכך הוטל עליו חרם בשנית, והוא נותר מבודד במשך כמה שנים. שוב ניסה לחזור, אך הוענש ואפילו הושפל ברבים. אז מאס בחייו והתאבד ב-1640, באמצעות אקדח. האוטוביוגרפיה שלו, "דוגמה לחיי אדם", שוטחת את טענתו לחוסר סובלנות.

ברוך שפינוזה, המוכר לעיתים כבֶּנטוֹ ד'אספינוזה ונקרא לפעמים בנדיקט שפינוזה, נולד באמסטרדם ב-1632. אביו היה פרנס בקהילה היהודית וברוך למד בתלמוד התורה המקומי ומאוחר יותר פנה ללימודי פילוסופיה. לאחר מות אביו ב-1656, תקפה אותו המנהיגות הדתית על הדעות הלא-מקובלות שהביע. למרות החרם שנגזר עליו, לא הסכים לוותר על עמדותיו והעדיף לעזוב את קהילת אמסטרדם לצמיתות. עד למותו בטרם עת ב-1677 התגורר במקומות שונים בהולנד, עם חוג של לא-יהודים שחשבו כמותו, והתפרנס בצניעות מעבודה בליטוש עדשות אופטיות.

שפינוזה עזב את היהדות המאורגנת, אך לא הפך נוצרי. הוא פרסם רק ספר אחד בימי חייו, "מאמר תיאולוגי מדיני", ובו הדגיש – בעידן של שלטון הדת – את אמונתו במחשבה חופשית: "במדינה חופשית כל אדם צריך להיות זכאי לחשוב כרצונו ולומר את אשר הוא חושב". הוא מתח ביקורת חריפה על התנ"ך ותקפותו כיצירה א-לוהית וסבר שההלכה היהודית מוגבלת לתקופה שלפני החורבן ובוודאי אינה רלוונטית לתקופתו. הוא דחה גם כל שילוב של היגיון והתגלות כפי שבא לידי ביטוי במחשבת היהדות, למשל בכתביו הפילוסופיים של הרמב"ם.