ב’ בתמוז ה’תש”א – 27 ביוני 1941
ב-22 ביוני 1941 החל מבצע ברברוסה – פלישתה של גרמניה הנאצית לברית המועצות. הסובייטים נסוגו מליטא, והמדינה נשטפה בלאומנות אלימה וחסרת מעצורים, שחלק ניכר ממנה כוּון כלפי היהודים. בצהרי ה-27 ביוני 1941, ב’ בתמוז תש”א, עצרו “הפרטיזנים הליטאים” בקובנה כשישים יהודים ללא הבחנה והביאו אותם לחצר מוסך כלי רכב חקלאיים של תאגיד המיכון החקלאי הליטאי “ליֶיטוּקיס” במרכז העיר. ה”פרטיזנים” רצחו את היהודים באכזריות אחד אחד – הכו אותם במוטות ברזל או במקלות עץ, ובכמה מקרים הזרימו לקרבם מים מזרנוקים עד מותם. עשרות מעשי הרצח בעינויים נמשכו שעות אחדות לעיני המון גדול של ליטאים – בהם נשים וילדים – שקרא קריאות עידוד. האירוע התרחש סמוך למפקדת הארמייה ה-16 של הוורמאכט (צבא גרמניה הנאצית), ואנשי הצבא הגרמנים צפו בו מהצד מבלי להתערב. האירוע הונצח במספר תצלומים שצילמו חיילים גרמנים. הקצין הגרמני אוֹבּרסט לותאר פון בישוֹפסהַאוּזֶן סיפר על האירועים בתצהיר שמסר ב-1959:
בעודי פוסע בעיר חלפתי על פני תחנת דלק שהייתה מוקפת בקהל צפוף. היו בקהל נשים רבות, והן הרימו את ילדיהן או העמידו אותם על כיסאות או ארגזים כדי שיוכלו להיטיב לראות. בתחילה חשבתי שזו בוודאי חגיגת ניצחון או אירוע ספורטיבי כלשהו, שכן הקהל לא הפסיק להריע, למחוא כפיים ולצחוק. ואולם, כששאלתי מה מתרחש, נאמר לי כי אנו צופים ב”סוחר המוות מקובנה” בפעולה וכי כאן זוכים משתפי פעולה ובוגדים לבוא על עונשם הראוי. אך כשהתקדמתי, הייתי ככל הנראה עד לאירוע המחריד ביותר שראיתי במהלך שתי מלחמות עולם.
בחצר הבטון הקדמית של תחנת הדלק ניצב גבר בלונדיני ממוצע-קומה כבן עשרים וחמש, שעוּן על אלה מעץ, נח… לרגליו נחו כחמישה-עשר עד עשרים אנשים מתים או גוססים. מים שזרמו להם מזרנוק שטפו את הדם לפתח הניקוז. במרחק של כמה פסיעות ממנו עמדו כעשרים גברים שעליהם שמרו אזרחים חמושים, ממתינים להוצאתם האכזרית להורג בהכנעה דמומה. האיש הבא, בתגובה לנפנוף יד קצר, התקדם בשקט ואז הוכה למוות באלת העץ באופן הבהמי ביותר, כשכל מכה שניחתת עליו מלווה בקריאות נלהבות מהקהל.
הגרמנים טענו כי מדובר באירוע ספונטני, שקשור להתנהלות ליטאית אזרחית, ולכן הם אינם צריכים להתערב במתרחש. הסגנון הברוטלי בו נקטו הרוצחים הליטאים אולי שונה מהרצח הקר והסטרילי שהתרחש במקרים רבים במחנות המוות של הנאצים, אולם התוצאה וזהות הקורבנות – יהודים תמימים – זהה לחלוטין.